El trabajo del CPAU se desarrolla a través de comisiones, que tienen como objetivo asesorar al Consejo acerca de temas específicos. Actualmente hay cuatro comisiones: "Arquitectura", "Ejercicio Profesional", "Formación y Asuntos Universitarios" y "Urbanismo y Medio Ambiente".

Las comisiones están integradas por miembros del Consejo y profesionales invitados que trabajan ad honorem.

Todas las comisiones están organizadas en subcomisiones y grupos de trabajo dedicados al estudio de cuestiones específicas. El resultado del trabajo en comisiones tiene un seguimiento operativo dentro del CPAU, destinado a plasmar sus recomendaciones en respuestas efectivas.