El trabajo del CPAU se desarrolla a través de comisiones, que tienen como objetivo asesorar al Consejo acerca de temas específicos. Actualmente hay seis comisiones: "Arquitectura", "Ejercicio Profesional", "Formación y Asuntos Universitarios", "Urbanismo y Medio Ambiente", "Etica y Disciplina" y "Prensa y Difusión".

Las comisiones están integradas por miembros del Consejo y profesionales invitados que trabajan ad honorem.

Organizadas en subcomisiones y grupos de trabajo dedicados al estudio de cuestiones específicas, los resultados de los trabajo realizados tienen un seguimiento operativo dentro del CPAU, con el propósito de hacer una transmisión efectiva a los matriculados y la comunidad de las conclusiones alcanzadas.